Banca de QUALIFICAÇÃO: YAN JERÔNIMO GOMES LÔBO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : YAN JERÔNIMO GOMES LÔBO
DATA : 20/02/2024
HORA: 15:00
LOCAL: meet.google.com/exd-uuix-bkb
TÍTULO:

Triagem computacional da protease principal e da proteína S do SARS-Cov 2 junto a seus mutantes - Em busca de novos ligantes e vacinas mais eficientes

PALAVRAS-CHAVES:

SARS-CoV-2, Proteína S, Modelagem Molecular, Dinâmica Molecular, Assinaturas de Mobilidade, Infectividade, Imunogenicidade

PÁGINAS: 31
RESUMO:

INTRODUÇÃO: O vírus SARS-CoV-2 sofreu mutações desde a sua origem, originando variantes como a Delta, Gamma e Omicron. Isso é preocupante porque algumas variantes têm maior infectividade e/ou imunogenicidade diminuída em comparação com a variante do tipo selvagem (wt). Mutações no RBD da glicoproteína Spike são de particular interesse devido ao seu papel fundamental na infecção. OBJETIVOS: Avaliar o impacto de mutações com diferentes grupos fenotípicos: neutro; infecciosidade aumentada (+inf/-ev); imunogenicidade reduzida (- inf/+ev); fenótipos de infecciosidade aumentada e imunogenicidade reduzida (+inf/+ev), na mobilidade do RBD, através da análise de simulações produtivas de DM de 36 mutantes do RBD. MATERIAL E MÉTODOS: A estrutura de Spike wt foi coletada do Protein Data Bank, selecionamos manualmente os resíduos que correspondem ao RBD e modelamos comparativamente vários (36) mutantes. Os estados de protonação para todos os resíduos em cada estrutura foram estimados para um pH de 7,4 e salinidade de 0,15 M. Todos os sistemas foram parametrizados e solvatados em caixas d'água, e foram submetidos a um protocolo de equilíbrio multietapa e a simulações produtivas de 100 ns em triplicata. Os últimos 50 ns das trajetórias obtidas foram analisados por flutuação quadrática média por resíduo, análise de cluster, desvio quadrático médio 2D, e análise de componentes principais. RESULTADOS E DISCUSSÃO: A análise das trajetórias obtidas indica que as mais variáveis regiões no RBD são o loop beta1-beta2 do motivo de ligação ao receptor (RBM) e os resíduos 360-374. Há também uma tendência de estabilização do RBM para conformações de ligação mais favoráveis em (+inf/-ev), enquanto (-inf/+ev) apresenta maior diversidade conformacional para evitar a detecção pelo sistema imune. (+inf/+ev) mostra maior mobilidade do que mutantes neutros, mas menos mobilidade quando comparado a (-inf/+ev). Os resíduos 360-374 apresentaram maior mobilidade em (+inf/-ev) e menor mobilidade em (+inf/+ev), possivelmente para, respectivamente, reduzir a detecção e aumentar a estabilidade. A distribuição de frames para a variante Omicron segue o padrão observado em mutantes (+inf/+ev), para ambas as regiões estudadas.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 2981680 - LEONARDO HENRIQUE FRANCA DE LIMA
Interno - 1367304 - ALEXSANDRO SOBREIRA GALDINO
Externo à Instituição - CARLOS HENRIQUE DA SILVEIRA