O Programa de Pós-graduação em Bioengenharia (PPBE), níveis mestrado e doutorado, foi idealizado e criado por iniciativa do Departamento de Engenharia de Biossistemas (DEPEB) da UFSJ, em parceria com o Centro Nacional de Pesquisa de Milho e Sorgo (CNPMS) da EMBRAPA. Aprovado pela CAPES em 2009, teve sua primeira turma de alunos ingressantes no primeiro semestre de 2010.

A área de concentração do PPBE é a Engenharia de Sistemas Biológicos, dividida em três linhas gerais de pesquisa: i) Bioengenharia de Sistemas Moleculares, Celulares e Teciduais; ii) Bioengenharia de Sistemas Neuronais e iii) Bioengenharia de Sistemas Ecológicos.