Universidade Federal de São João del-Rei São João del-Rei, 02 de Julho de 2025

Resumo do Componente Curricular

Dados Gerais do Componente Curricular
Tipo do Componente Curricular: DISCIPLINA
Unidade Responsável: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOENGENHARIA (13.03)
Código: PPBE0114
Nome: TÓPICOS METODOLÓGICOS EM QUÍMICA MEDICINAL COMPUTACIONAL EXPERIMENTAL
Carga Horária Teórica: 45 h.
Carga Horária Prática: 0 h.
Carga Horária Total: 45 h.
Pré-Requisitos:
Co-Requisitos:
Equivalências:
Excluir da Avaliação Institucional: Não
Matriculável On-Line: Sim
Horário Flexível da Turma: Não
Horário Flexível do Docente: Sim
Obrigatoriedade de Nota Final: Sim
Pode Criar Turma Sem Solicitação: Não
Necessita de Orientador: Não
Exige Horário: Não
Permite CH Compartilhada: Não
Permite Múltiplas Aprovações: Não
Quantidade de Avaliações: 1
Ementa/Descrição: Práticas de Desenvolvimento de Fármacos com Auxílio do Computador utilizando programas on line e/ou previamente instalados de uso livre.Introdução aos comandos básicos de shell script (linux), banco de dados biológicos e químicos; geração, obtenção e gerenciamento de ligantes,desenvolvimento de fármacos com base em ligantes, desenvolvimento de fármacos com base na estrutura.
Referências: Brozell, S. R., Mukherjee, S., Balius, T. E., Roe, D. R., Case, D. A., & Rizzo, R. C. (2012). Evaluation of DOCK 6 as a pose generation and database enrichment tool. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 26(6), 749–773. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9565-y Humphrey, W., Dalke, A., & Schulten, K. (1996). VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics, 14(1), 33–38.https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5 Maia, E. H. B., Medaglia, L. R., Da Silva, A. M., & Taranto, A. G. (2020). Molecular Architect: A User-Friendly Workflow for VirtualScreening. ACS Omega. https://doi.org/10.1021/acsomega.9b04403 Nunes, R. R., Costa, M. dos S., Santos, B. dos R., da Fonseca, A. L., Ferreira, L. S., Chagas, R. C. R., da Silva, A. M., Varotti, F. de P.,& Taranto, A. G. (2016). Successful Application of a Virtual Screening and Molecular Dynamics Simulation Against Antimalarial Molecular Targets. Memórias Do Instituto Oswaldo Cruz, 1–10. https://doi.org/10.1590/0074-02760160207 Pettersen, E. F., Goddard, T. D., Huang, C. C., Couch, G. S., Greenblatt, D. M., Meng, E. C., & Ferrin, T. E. (2004). UCSF Chimera—a visualization system for exploratory research and analysis. Journal of Computational Chemistry, 25(13), 1605–1612. Phillips, J. C., Braun, R., Wang, W., Gumbart, J., Tajkhorshid, E., Villa, E., Chipot, C., Skeel, R. D., Kalé, L., & Schulten, K. (2005). Scalable molecular dynamics with NAMD. Journal of Computational Chemistry, 26(16), 1781–1802. https://doi.org/10.1002/jcc.20289 Rose, P. W., Prli, A., Bi, C., Bluhm, W. F., Christie, C. H., Dutta, S., Green, R. K., Goodsell, D. S., Westbrook, J. D., Woo, J., Young, J.,Zardecki, C., Berman, H. M., Bourne, P. E., & Burley, S. K. (2015). The RCSB Protein Data Bank: views of structural biology for basic and applied research and education. Nucleic Acids Research, 43(D1), D345–D356. https://doi.org/10.1093/nar/gku1214Sander, T., Freyss, J., von Korff, M., & Rufener, C. (2015). DataWarrior: An Open-Source Program For Chemistry Aware Data Visualization And Analysis. Journal of Chemical Information and Modeling, 55(2), 460–473. https://doi.org/10.1021/ci500588j Sterling, T., & Irwin, J. J. (2015). ZINC15–Ligand Discovery for Everyone. Journal of Chemical Information and Modeling, 55(11), 2324– 2337. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00559 Sunseri, J., & Koes, D. R. (2016). Pharmit: interactive exploration of chemical space. Nucleic Acids Research, 44(W1), W442--W448. https://doi.org/10.1093/nar/gkw287 Taranto, A. G., Santos, B. dos R., Costa, M. S., Campos, V. A., Lima, I. G., Greco, S. J., Silva, A. M. da, Ribeiro, R. I. M. A., Munayer, F. M., & Silva, A. M. da. (2015). Octopus: A Virtual High Throughput Screening Platform for Multi-Compounds and Targets. Livro de Resumos Do 18o Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 40. https://doi.org/ISSN: 2237-2679 Waterhouse, A., Bertoni, M., Bienert, S., Studer, G., Tauriello, G., Gumienny, R., Heer, F. T., De Beer, T. A. P., Rempfer, C., Bordoli, L., Lepore, R., & Schwede, T. (2018). SWISS-MODEL: Homology modelling of protein structures and complexes. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gky427 Webb, B., & Sali, A. (2016). Comparative Protein Structure Modeling Using MODELLER. In Current Protocols in Bioinformatics (pp.5.6.1-5.6.37). John Wiley & Sons, Inc. https://doi.org/10.1002/cpbi.3

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